تم تشكيل المنتخب الكرواتي في عام 1991، أي قبل فترة قصيرة من استقلال كرواتيا عن الجمهورية اليوغوسلافية، و بحلول عام 1993 اكتسب المنتخب عضوية الفيفا والاتحاد الاوروبي.
وخاضت كرواتيا أول بطولة رسمية في التصفيات المؤهلة لكأس الأمم الأوروبية عام 1996، وهذا كان أول ظهور لها في بطولة دولية، كونها نجحت في التأهل للنهائيات.
وشاركت كرواتيا في كأس العالم لكرة القدم لاول مرة في عام 1998 في فرنسا وخرجت بالمركز الثالث، كما ان هداف البطولة دافور سوكر كان من صفوفها.
ومنذ أن أصبحت كرواتيا دولة مستقلة لم تغب إلا عن بطولة عالم واحدة وأخرى في كأس الأمم الأوروبية.