وأبقى المجلس ضمن الدستور الجديد على الفصل الاول من دستور 1959 (أول دستور بعد الاستقلال) الذي يقول "تونس دولة حرة، مستقلة، ذات سيادة، الاسلام دينها، والعربية لغتها، والجمهورية نظامها" وأضاف اليه عبارة "لا يجوز تعديل هذا الفصل".
واقترح نائبان التنصيص ضمن الفصل الاول من الدستور الجديد على أن "الاسلام" و"القرآن والسنة" مصادر "أساسية" للتشريع في تونس، لكن اغلبية نواب المجلس صوتوا ضد اقتراحيهما.
وكانت حركة النهضة الاسلامية الحاكمة وصاحبة أغلبية المقاعد في المجلس التأسيسي، طالبت في 2012 بتضمين الدستور نصا يعتبر الشريعة الاسلامية مصدرا أساسيا من مصادر التشريع في تونس.
وأعلنت حركة النهضة في آذار/مارس 2012 تخليها عن هذا المطلب بعد معارضة شديدة من منظمات المجتمع المدني وأحزاب المعارضة، وموافقتها على مقترح من المعارضة بالإبقاء على الفصل الأول من دستور 1959 دون تغيير.
وصادق المجلس التأسيسي على الفصل السادس من مشروع الدستور الذي أثار جدلا استمر اشهرا، لانه يلزم الدولة في آن واحد بضمان "حرية المعتقد والضمير" و"حماية المقدسات".
وصوت أغلب النواب ضد مقترحات بحذف حرية الضمير من الفصل السادس.
وطالب أزاد بادي النائب عن "حركة وفاء" (حزب قريب من الاسلاميين) بحذف حرية الضمير من الدستور معتبرا انها قد تعطي "عبدة الشيطان والأصنام" حرية إقامة طقوسهم ونشر أفكارهم في تونس التي يدين شعبها بالاسلام.
فيما قال إياد الدهماني النائب عن الحزب "الجمهوري" (يسار وسط) ان "من يدعو إلى الغاء حرية الضمير يريد أن يعيدنا الى صفحات سوداء في تاريخ الانسانية وإلى محاكم التفتيش التي كانت تفتش في ضمائر الناس"، مضيفا ان "حرية الضمير هي جوهر (بقية) الحريات".