كما نقلت عن محمد جواد لاريجاني، مستشار قائد الثورة الإسلامية آية الله السيد علي خامنئي قوله إن العلاقة بين مجاهدي خلق والكيان الإسرائيلي "قريبة جداً"، مشيراً إلى أن الإسرائيليين "يدفعون لمجاهدي خلق"، وأن "بعض عملاء هؤلاء يزودونهم بالمعلومات، كما يجندون ويديرون الدعم اللوجيستي".
ويقوم الموساد الإسرائيلي بتدريب عناصر من المنظمة على استخدام الدرجات النارية والعبوات الصغيرة، وقد بنى في إحدى المرات مجسماً لمنزل عالم نووي إيراني ليتعرف القتلة على المكان قبل تنفيذ العملية.
وكان مسؤولون إيرانيون آخرون اتهموا وكالة الإستخبارات الأميركية (سي أي أي) والإستخبارات الإسرائيلية بالوقوف خلف الهجمات التي استهدفت علماء يشاركون في البرنامج النووي الإيراني
وزارة الخارجية الإسرائيلية رفضت التعليق على التقرير، معتبرة انه نوع من الثرثرة و متذرعة بانها لا يمكنها رؤية كافة الأدلة التي تزعمها أن بي سي، فيما يتذرع المسؤولين الاميركيون بأنهم لا يتعاملون مع المنظمة لانهم يصنفونها ارهابية.