وفي رسالة تعزية لعائلة الشهيد، وصف آية الله خامنئي الاغتيال بالجبان، وقال إنه تم بتخطيط ودعم الاستخبارات الاميركية الـ "سي آي إيه" او الـ "موساد" الاسرائيلي، معتبرا ذلك دليلا على وصول الاستكبار العالمي بزعامة اميركا والصهيونية الى طريق مسدود في مسعاهم لمواجهة الشعب الايراني.
وأكد أن الضالعين والمخططين في هذه الجريمة لن يجرأوا على الإقرار بجريمتهم النكراء مطلقاً وتقبل المسؤولية فيها كما حصل في الجرائم التي ترتكبها شبكة الإرهاب الحكومي الدولية.
وأكد آية الله خامنئي أن هؤلاء سيفشلون ولن يحققوا اهدافهم، واوضح أن التطور العلمي المتسارع للشعب الايراني بفضل ارادة وعزم شبابه من امثال الشهيد مصطفى ليس قائما على مساع فردية بل هو حركة تاريخية منبثقة عن عزم وارادة وطنية.
كما أكد على الاستمرار بهذا النهج بقوة وعزيمة راسخة رغم أنف قادة معسكر الاستكبار ونظام الهيمنة وأن التقدم الذي يحرزه الشعب الإيراني سيثير دهشة وحيرة الأعداء والمعاندين والحاسدين، واصفا استشهاد العالم الشاب أحمدي روشن بأنه أضاف حزناً آخر لمحبي العلم والناشطين على طريق تقدم الجمهورية الإسلامية الإيرانية.