وبرز في المعرض جناح كامل مخصص لكتب السلفية وكتب ابن تيمية، إلى جانب كتب العقيدة المسندة، ومذكرات شخصيات مثل أبو حفص الموريتاني، المفتي السابق لتنظيم القاعدة، وكتب تتناول أفكار أبو مصعب الزرقاوي.
ورغم أن هذه الكتب تمثل إرثًا فكريًا لدى بعض التيارات الدينية، إلا أن محتواها غالبًا يثير الجدل لما يتضمنه من أفكار عن التكفير، التبديع، والتحريض على العنف، وهو ما يراه مراقبون بأنه يتناقض مع رسالة المعارض الثقافية التي تركز على المعرفة والانفتاح الفكري.
وقد تم منع بعض الكتب المرتبطة بالتنظيمات المسلحة بعد تدخل السلطات الانتقالية لتفادي نشر أفكار تحض على التطرف.
وقال مسؤول أمني عراقي إن الحكومة السورية الانتقالية منعت عرض كتاب مرتبط بتنظيم القاعدة ويتضمن تلخيصًا لمحاضرات صوتية لأبو مصعب الزرقاوي زعيم تنظيم القاعدة في معرض بدمشق بعد طلب من بغداد.
كما أثار المعرض جدلاً حول بعض الحملات الترويجية على مواقع التواصل، خاصة بعد ظهور ناشطين إعلاميين يحملون سلاحًا في فيديوهات ترويجية للمعرض، ما دفع بعض السوريين للتعبير عن استيائهم من عدم تخصص هؤلاء في المجال الثقافي.