واستنادا للفقرة السابعة من المادة 110 من الدستور فقد اصدر قائد الثورة الاسلامية حكما عين بموجبه آية الله السيد محمود هاشمي شاهرودي رئيسا للهيئة العليا لحل الخلافات وتنظيم العلاقات بين السلطات الثلاث.
وتضم الهيئة العليا في عضويتها كلا من حجة الاسلام سيد محمد حسن ابوترابي وسيد مرتضى نبوي وعباس علي كدخدائي وسيد صمد موسوي لفترة خمس سنوات.
واكد آية الله خامنئي في حكمه هذا، ان على كبار المسؤولين تنظيم العلاقات بين السلطات الثلاث بشكل مطلوب وازالة الخلافات المحتملة والتعاون الى اقصى حد مع الهيئة المذكورة.