ولم يستكمل الشمال والجنوب الاتفاق بعد على عدد من الموضوعات الحساسة ومن بينها تقاسم عائدات النفط وتقاسم ديون السودان وترسيم الحدود.
الى ذلك قالت بعثة الامم المتحدة في السودان ان السكان يفرون من مدينة كادقلي عاصمة الولاية سيرا على الاقدام وفي حافلات وشاحنات هربا من القتال.
وقالت منظمة هيومان رايتس ووتش ومنظمة العفو الدولية في بيانين منفصلين انه قد وصلتهما تقارير عن تفتيش القوات الشمالية للشوارع والمنازل بحثا عن مؤيدي الحركة الشعبية لتحرير السودان وانها تقتل من تعثر عليه (حسب المنظمات الدولية).
وقال المتحدث باسم بعثة الامم المتحدة في السودان خضير زروق "الموقف الامني ما زال محل قلق كبير. وردت التقارير عن القتال المركز ونيران المدفعية المتفرقة والحشد العسكري المتواصل خلال 24 سنة الماضية."
واعتبر المحللون جنوب كردفان نقطة اشتعال محتملة لانها موطن الاف الشماليين الذين تحالفوا مع الجنوب ضد الخرطوم خلال الحرب الاهلية.
كما يضم الاقليم أغلب ما سيتبقى للشمال من حقول النفط بعد الانفصال?.