وتجول شارون آنذاك في ساحات الأقصى، وقال إن الحرم القدسي سيبقى منطقة إسرائيلية، مما أثار استفزاز الفلسطينيين، فاندلعت المواجهات بين المصلين وجنود الاحتلال ، واستشهد سبعة مقاومين وجُرح 250 آخر، كما أُصيب 13 جنديا من جنود الاحتلال .
وشهدت مدينة القدس المحتلة مواجهات عنيفة أسفرت عن إصابة العشرات، وسرعان ما امتدت إلى كافة المدن في الضفة الغربية وقطاع غزة، وسميت بـ"انتفاضة الأقصى".
ويعتبر الطفل الفلسطيني "محمد الدرة" رمزا للانتفاضة الثانية، فبعد يومين من اقتحام المسجد الأقصى، أظهر شريط فيديو التقطه مراسل قناة تلفزيونية فرنسية، يوم 30 سبتمبر/أيلول 2000، مشاهد إعدام حية للطفل البالغ (11 عاما) الذي كان يحتمي إلى جوار أبيه ببرميل إسمنتي في شارع صلاح الدين جنوبي مدينة غزة.
وأثار إعدام جيش الاحتلال للطفل الدرة مشاعر غضب الفلسطينيين في كل مكان، وهو ما دفعهم للخروج في مظاهرات غاضبة ومواجهة جيش الاحتلال الإسرائيلي، مما أسفر عن استشهاد وإصابة العشرات منهم.
تميزت الانتفاضة الثانية مقارنة بالأولى بكثرة المواجهات، وتصاعد وتيرة الأعمال العسكرية بين المقاومة الفلسطينية وجيش الاحتلال الإسرائيلي.
وطبقا لأرقام فلسطينية رسمية، فقد أسفرت الانتفاضة الثانية عن استشهاد 4412 فلسطينيا إضافة لـ 48322 جريحا، بينما قتل 1069 صهيونيا وجرح 4500 آخر.
وتعرضت مناطق الضفة الغربية وقطاع غزة -خلال انتفاضة الأقصى- لاجتياحات عسكرية وتدمير آلاف المنازل والبيوت، وكذا تجريف آلاف الدونمات الزراعية.
ومن أبرز أحداث الانتفاضة الثانية اغتيال وزير السياحة بحكومة الاحتلال رحبعام زئيفي على يد مقاومين من الجبهة الشعبية لتحرير فلسطين.
وعمل شارون على اغتيال أكبر عدد من قيادات الصف الأول بالأحزاب السياسية والعسكرية الفلسطينية، في محاولة لإخماد الانتفاضة التي اندلعت عام 2000 ولإضعاف فصائل المقاومة وإرباكها، وفي مقدمتهم مؤسس حركة حماس الشيخ أحمد ياسين.
وشهدت الانتفاضة الثانية تطورا في أدوات المقاومة الفلسطينية مقارنة بالانتفاضة الأولى التي كان أبرز أدواتها الحجارة والزجاجات الحارقة.
وعلى مدى سنوات الانتفاضة مرت الضفة الغربية وقطاع غزة بسلسلة من الاجتياحات العسكرية الإسرائيلية لمناطق السلطة الفلسطينية، أبرزها عملية السور الواقي، وفرضت حصارا عسكريًّا مشددًا على الأراضي الفلسطينية، وفصلت المدن عن امتدادها الريفي لمدد طويلة.
وكانت معركة مخيم جنين؛ الذي اجتاحته قوات عسكرية إسرائيلية كبيرة في الأول من أبريل/نيسان 2002، واستمرت حتى 15 من الشهر نفسه، من أشد المعارك التي خاضها المقاومون الفلسطينيون ضد قوات الاحتلال، وكانت معركة ضارية دارت في أزقة المخيم، واستخدمت فيها قوات الاحتلال أسلحة الطيران، وأسلحة ثقيلة، وجرافات ضخمة هدمت عشرات المنازل.
وشرعت سلطات الاحتلال في بناء جدار الفصل العنصري في الضفة الغربية المحتلة في صيف 2002، ليبلغ مجمل طوله نحو 703 كيلومترات، يتلوى حول الضفة الغربية وداخل أراضيها، ويقتطع مساحات منها ليجمع المستوطنات في كتل، ويباعد بين المدن والقرى الفلسطينية.
مع اندلاع الانتفاضة، توقف المسار السياسي بين السلطة الفلسطينية والاحتلال مع انهيار مفاوضات كامب ديفيد وطابا.
وشهدت انتفاضة الأقصى ظاهرة إطلاق المقاومة الفلسطينية للصواريخ، فقد بدأت المقاومة في غزة بتصنيع الصواريخ محلية الصنع وقصيرة المدى يتراوح مداها بين 5 و10 كيلومترات، وكان أول صاروخ أطلق من غزة صنعته كتائب القسام الذراع العسكرية لحركة المقاومة الإسلامية (حماس) وأدخل للخدمة في 2001.
ونفذ مقاومون فلسطينيون من الفصائل كافة نحو 132 عملية استشهادية في عمق فلسطين المحتلة خلال السنوات الأربع الأولى من انتفاضة الأقصى، كانت حصيلة ضحاياها استشهاد منفذيها ومقتل 688 صهيونيا وجرح نحو 4917 آخر.
وكانت الانتفاضة الأولى، أو "انتفاضة الحجارة" كما يسميها الفلسطينيون، قد اندلعت يوم 8 ديسمبر/كانون الأول 1987، في مخيم جباليا شمال قطاع غزة، ثم انتقلت إلى كل مدن وقرى ومخيمات فلسطين.
ويعود سبب الشرارة الأولى للانتفاضة لقيام سائق شاحنة إسرائيلي بدهس مجموعة من العمال الفلسطينيين على حاجز بيت حانون "إيريز" شمال القطاع.