تخرج البشير من الكلية الحربية السودانية عام 1967 ثم نال ماجستير العلوم العسكرية بكلية القادة والأركان عام 1981، ثم ماجستير العلوم العسكرية من ماليزيا في عام 1983، وزمالة أكاديمية السودان للعلوم الإدارية عام 1987. شارك في حرب العبور 1973، وعمل فترة في الإمارات.
عمل بالقيادة الغربية من عام 1967 وحتى 1969، ثم القوات المحمولة جواً من 1969 إلى 1987، إلى أن عين قائداً للواء الثامن مشاة خلال الفترة من 1987 إلى 30 يونيو 1989 قبل أن يقوم بانقلاب عسكري على حكومة الأحزاب الديموقراطية برئاسة رئيس الوزراء الصادق المهدي، بإيعاز من الجبهة القومية الإسلامية ورئيسها حسن الترابي . ويتولى منصب رئيس مجلس قيادة الانقلاب العسكري في 30 يونيو 1989، ووفقاً للدستور يجمع رئيس الجمهورية بين منصبه ومنصب رئيس الوزراء.
ولد في قرية صغيرة تسمى حوش بانقا بريفي شندي ينتمي لقبيلة البديرية الدهمشية إحدى المجموعات القبلية واسعة الانتشار في أقاليم السودان الشمالية والغربية، وهو متزوج من امرأتين (تزوج الثانية بعد مقتل زوجها عضو مجلس ثورة الإنقاذ الوطني العقيد إبراهيم شمس الدين إثر تحطم طائرته بأعالي النيل)
ولا يعرف الكثيرون عن الحياة الخاصة للبشير، وليس لديه أطفال رغم زواجه من اثنتين، بحسب بي بي سي، وكان زواجه الثاني من أرملة إبراهيم شمس الدين، الذي كان يعد "بطلا حربيا في الشمال"، حيث كان يحث البشير، القادة على الزواج بأكثر من امرأة وتكفل الرعاية لأرامل الحرب الأهلية التي استمرت عقدين من الزمن وسقط فيها مئات القتلى.
واندلعت مظاهرات شعبية واسعة في السودان ضد حكمه في أوائل سبتمبر/أيلول 2013، نتيجة لارتفاع الأسعار وسوء الأوضاع المعيشية عامة، فيما أعلن البشير لشعبه عن عدم رغبته في الترشح لمنصب الرئاسة في انتخابات عام 2015، لكنه خلف بوعده.
وفي نهاية 2018 ، خرج السودانيون مرة أخرى للإحتجاج على ارتفاع اسعار الخبر وغلاء المعيشة لتتحول فيما بعد الى مطالبات برحيل البشير.
في نيسان/ابريل 2019، تنحى عمر البشير من منصبه وتشكيل مجلس عسكري ليحكم البلاد.