ووفقا للسومرية نيوز، قال المجلس في بيان: "فجع العالم الإسلامي اليوم بنبأ إعدام الشيخ نمر باقر النمر من قبل السلطات السعودية، وقد كنا نتابع طيلة الأشهر الماضية باهتمام بالغ موضوع إلغاء حكم إعدامه من اجل أن تسود قيم المحبة والسلام والوئام المجتمعي في البلد الجار، ولاعتقادنا بان إلغاء هذا الحكم الجائر كان سيؤدي إلى إنعاش الأمال الخيرة والدعوات المعتدلة في المنطقة، ويسهم في رص الصف الإسلامي وتوحيد الرؤى والمواقف إزاء التحديات المشتركة المتمثّلة بالإرهاب والتنظيمات الظلامية".
وأضاف المجلس: أن "ما حصل اليوم من فاجعة يشكل استهانة بدماء العلماء وموقعهم المتميز في الأمة وانتهاكاً فاضحاً لحقوق الإنسان والمعايير الدولية، سواء في الدفاع عن النفس وحرية التعبير أو التعايش السلمي، كما يعد تبديداً لتلك الآمال والقيم النبيلة"، وتابع "ندين هذا الإجراء التعسفي الذي لا نشك بآثاره السلبية على السلام والأمن في المنطقة والذي سيزيد من حدة التوترات فيها".
وحذر المجلس من أن "يكون الأمر تمهيداَ لانتكاسة كبرى لجهود العيش المشترك سواء في المملكة السعودية أو في المنطقة كلها"، وتابع "نطالب منظمة التعاون الإسلامي ومؤسسة الأزهر الشريف والأمم المتحدة ومنظمات حقوق الإنسان وكل علماء الدين بأن يمارسوا دورهم المنشود إزاء ما حصل اليوم من إصرار على أتباع أسوأ الطرق في حل المشكلات".
وأكد المجلس الأعلى أن "الشهيد النمر كان عالماَ عاملاَ، داعياَ إلى الإصلاح السلمي في السعودية، وساعياَ إلى تغليب الحوار والتسامح الديني والمذهبي على خطاب البغضاء والتكفير ولم يقترف ذنباَ سوى أنه كان من المطالبين بحقوق من يمثلهم ورفع الحيف والتمييز عنهم".