وأشار تقرير الاتحاد الدولي إلى أن الرجال والنساء والأطفال يتعرضون للأذى بهدف "اجتثات الاحتجاجات".
ويتعرض الكثير من المعتقلين لاختبارات العذرية والاغتصاب والاغتصاب الجماعي بعد الاعتقال.
وقالت وزارة الداخلية المصرية إنها لن تعلق على ما جاء في التقرير حتى تدرسه.
ونوه التقرير الذي أعده الاتحاد إلى "ارتفاع ملموس" في العنف الجنسي بعدما تولت المؤسسة العسكرية مقاليد السلطة في مصر في يوليو/ تموز 2013.
وأضاف أنه نادرا ما يحاسب الجناة، وأن الإفلات من العقاب يشير إلى وجود "استراتيجية سياسية سافرة ترمي إلى إسكات جميع تيارات المعارضة."
وقال التقرير إن عناصر شرطة وضباط مخابرات وأفراد بالقوات المسلحة باتوا مدانين باستهداف المعتقلين من الذكور والإناث.
ومن بين الضحايا طلاب متظاهرون ونشطاء سياسيون وأطفال.
وقال معدو التقرير إنهم لم يجدوا دليلا على أن القيادة أعطت الأوامر باستخدام العنف، لكن حجم العنف - والإفلات من العقاب - يشير إلى وجود استراتيجية سياسية.
وأضافوا أن الضحايا الذين يتقدمون بشكواهم تجرى عرقلتهم بطريقة ممنهجة من قبل النظام القضائي، ويتعرضون لتهديدات وردود انتقامية على يد رجال الشرطة وحراس السجون.