وتوترت العلاقات بين الدولتين الحليفتين السابقتين منذ أن أطاح قائد الجيش المصري السابق والرئيس الحالي عبد الفتاح السيسي بالرئيس المنتخب مرسي المنتمي إلى جماعة الإخوان المسلمين في عام 2013 بعد احتجاجات حاشدة ضد حكمه.
ونقلت صحف تركية عن اردوغان قوله للصحفيين الذين كانوا يرافقونه على متن طائرته لدى عودته من زيارة رسمية إلى إيران "السيد مرسي رئيس منتخب بنسبة 52 في المئة من الأصوات. يجب أن يطلقوا سراحه". وأكد مسؤول من مكتب اردوغان إدلاءه بتلك التصريحات، بحسب رويترز.
وللإخوان المسلمين علاقات وثيقة مع حزب العدالة والتنمية الحاكم في تركيا الذي شارك اردوغان في تأسيسه والذي برز كواحد من أشد المنتقدين الدوليين للإطاحة بمرسي واصفا إياها بأنها "انقلاب غير مقبول" من قبل الجيش.
وأثارت زيارة اردوغان الأخيرة إلى المملكة العربية السعودية ودعمه لعملية عسكرية في اليمن وشاركت فيها سفن حربية مصرية التكهنات بشأن احتمال ذوبان الجليد في العلاقات بين أنقرة والقاهرة.