وأفاد موقع (سي ان ان) ان المعارضين يرون ان السبب قتل الاقباط يرجع الى قرار السيسي دعم قوات اللواء خليفة حفتر في الحرب الداخلية الدائرة بليبيا، واستغرب بعضهم طريقة تعامل القاهرة مع الملف وتجاهلها في الوقت نفسه لسقوط عدد مماثل من القتلى في مباراة الزمالك وأنبي.
وقال الشاعر والناشط عبدالرحمن يوسف، نجل الداعية يوسف القرضاوي، في تعليق له على صفحته بموقع فيسبوك: "نعزي أنفسنا ونعزي كل المصريين بعد اغتيال 21 مصرياً على يد فئة ضالة مجرمة تظن أنها تتقرب إلى الله بقتل الأبرياء.. ودين الله بريء من إجرامهم.. والعار للنظام الأحمق الذي لم يهتم بأمر المصريين المخطوفين وكان سبباً في جعلهم ورقة سياسية بسبب تدخله في شأن داخلي لا يعنيه ..رحم الله شهداءنا.. ولا سامح الله من قتلهم."
أما القيادي والإعلامي المعروف بجماعة الإخوان، قطب العربي، فعلق بدوره قائلا: "أدين بكل وضوح قتل المسيحيين المصريين في ليبيا كما أدنت من قبل قتل أهلنا في سيناء وقتل المعتصمين والمتظاهرين.. هؤلاء عمال بسطاء أمنون ﻻ دخل لهم في جريمة قيادتهم الكنسية بدعم الإنقلاب أو تفويض القاتل.. هذه دماء مصرية.. والدم المصري كله حرام".
أما موقع حزب "الحرية والعدالة" الذراع السياسية لجماعة الإخوان المسلمين، فعرضت مقالة تحليلية حول ما جرى منددة فيها بالسيسي محملة إياه مسؤولية ما يجري تحت عنوان "داعش والسيسي وجهان لعملة واحدة" قائلة: "وجهان لعملة واحدة، شعارهما الانتقام البشع من المخالفين لهم فكرياً وسياسياً سواء بالقتل أو الحرق أو الذبح أو استباحة الحرمات وغيرها من السلوكيات الانتقامية إنهما قائد الانقلاب العسكري الدموي في مصر عبد الفتاح السيسي، وما يطلق على نفسه تنظيم الدولة الإسلامية المعروف إعلامياً باسم داعش".
وتابع الموقع بالقول إن ما يتعرض له المصريون في ليبيا "يتحمل مسؤوليته الكاملة السيسي وقادة الانقلاب جراء دعمهم لأحد أطراف النزاع في ليبيا وهو الانقلابي خليفته حفتر، الأمر الذي أثار حفيظة الأطراف الأخرى والتي رأت في ذلك تدخلاً سافراً في شؤون بلدهم ومحاولة للقضاء على ثورتهم ودفع بعضهم للانتقام من أفراد الجالية المصرية هناك."
وختم الموقع المقال التحليلي بالقول: "هذه الجريمة.. أظهرت جليا مدى عنصرية نظام الانقلاب من خلال رد فعله عليها والتي جاء في دعوة مجلس الدفاع الوطني للاجتماع وإعلان الحداد 7 أيام، على الرغم من تجاهل مقتل نفس العدد تقريباً الأسبوع الماضي في نفس اليوم وهم 22 من مشجعي نادي الزمالك وايت نايتس، ولكن هؤلاء قتلتهم الشرطة وليس داعش. التساؤل الذي يطرح نفسه: هل أصبح الحداد والتعاطف فقط لمؤيدي الانقلاب أما القتل والحرق فللمعارضين؟"