وشدد المالكي خلال لقائه ببرنامج "في الصميم" مع الإعلامي عبدالله المديفر على أنه لا مقارنة بين "حزب الله" و"داعش" و"جبهة النصرة"؛ لأن حزب الله يقاتلون عسكريين مثلهم فقط، قائلاً: "ولا أظن أن أخلاقيات حزب الله تجعلهم يفعلون كما داعش والنصرة والجيش الحر"...
ووصف المالكي كل من يتهمه بالتشيّع بأنهم "نواصب متخفون"، وعرَّف المالكي نفسه بأنه رجل باحث متسائل ومتواضع، ومستعد لفتح بيته لأي أحد، ويتمنى أن يتعلم، مؤكداً أنه ليس شيعياً متخفياً كما يطلق عليه "النواصب المتخفين"، مشيراً إلى أن النصب متغلغل في التيار السلفي، وأن من اتهمه بالتشيّع ناصبي.
وامتدح المالكي علماء الشيعة، وقال: "تجدهم في الجملة متواضعين، ويسمعون، وواسعي أفق، وعندهم التصاق بالعامة وبالناس، وليس التصاقاً بالمذهب كما هم علماء الزيدية والصوفية والإباضية".
وقال المالكي إنه يرى أن الملحد الجاد الباحث الذي يموت قبل أن يجد إجابات عن أسئلته ولم يؤذِ أحداً من الممكن أن يدخل الجنة، وكذلك من لم يعلم عن الإسلام ولا عن محمد صلى الله عليه وسلم ولم يرَ من المسلمين إلا كل شر وتفجير واختلاف ولم يسلم فإن الله لا يحاسبه إلا بالأخلاق العالمية كالظلم والكذب وكذا لا يضيع أجر من أحسن عملاً، وقال "لأن الله رب العالمين وليس رب المسلمين فحسب".
واعترف المالكي بأنه وصف طلاب المفتي السعودي السابق عبد العزيز ابن باز بالحمقى، مشيراً إلى أن بعض طلابه المتصدرين كانوا يشغلونه بأشياء سطحية، مثل حكم النفخ في الشراب وغيرها، واضاف "الشيخ ابن باز ثبّتني في مسألة الإمام علي ويزيد، وعندما سألته عن الفئة الباغية قال هي فئة معاوية، وسألته عن يزيد فقال فاسق، وعن الحجاج فقال فاسق".
وعن قصة طلب المفتي عبدالعزيز آل الشيخ من المالكي التوبة قال المالكي "الطلب آتٍ مني أنا، وذلك عام 1423هـ عندما ذهبت إلى مكتب المفتي، وأحضرت معي كتبي ومحاضراتي وكل شي؛ لأن هناك صورة مشوهة".
ويتابع "طالبته بكل هدوء، وقلت هذا تراثي كله اعملوا مراجعة له، وأخبروني بالأخطاء، فرد علي: لا، تب إلى الله عز وجل، أي تب إلى الله من كل شيء، أي أن كل شيء كتبته باطل، لكن لم أجد استجابة، وطلبت بعدها تحويلي إلى المحكمة الشرعية، وهذا كان خطأ خطيراً مني، والله ستر أن المفتي لم يُوافق على طلبي الأخير هذا، وفشل لقائي بالمفتي بعد أن طلبت المباهلة حين رفضوا أيضاً".
وعن ظروف فصله من التعليم قال "كان الفصل بتاريخ 28/ 4/ 1424، وظللت أطالب ديوان المظالم تسع سنوات"، مشيراً إلى أن آخر حكم قضائي صدر ضده كان بالفصل، وأن الموضوعين اللذين فُصل بسببهما هما تكليف ببحث علمي ومعترف به من مدير التعليم، وإجازات مرضية موقعة، وليس لمجرد أفكاره، وأكد أن هذا الحكم الصادر ضده كان ظالماً تماماً.