وفي ملاحظاتها النهائية بعد الاستماع قبل اسبوعين الى تقرير الكرسي الرسولي، اشارت اللجنة الى خلافاتها مع الفاتيكان الذي يؤكد ان صلاحيته تنحصر على ارض دولة الفاتيكان ولا تشمل قساوسة في البلدان الاخرى.
وذكرت اللجنة في ملاحظاتها التي صدرت في جنيف، بأن "التزام الدولة العضو في اطار الاتفاقية يشمل جميع رسميي الدولة العضو او اي شخص يتحرك بصفة رسمية. وهذه الالتزامات تشمل التصرفات وعيوب هؤلاء الاشخاص في اي مكان يمارسون فيه سلطة فعلية على اشخاص او على مناطق". واشارت الى ان هذه الالتزامات تشمل ايضا "الاشخاص الذين يقومون بعمليات في الخارج".
وفي رده على التقرير رحب الكرسي الرسولي باعراب اللجنة عن "تقديرها للحوار المفتوح والبناء والجهود الخيرة" للكرسي الرسولي.
وجاء في بيان الفاتيكان ان اللجنة اكدت ان الفاتيكان "لم ينتهك اتفاقية مناهضة التعذيب" في قضايا جرائم التحرش بالاطفال التي ارتكبها قساوسة.
وقد طرحت هذه الامكانية خلال بعض مداخلات الخبراء الذين اجتمعوا في بداية ايار/ مايو للتحقق من تطبيق الفاتيكان للاتفاقية.
واضاف بيان الفاتيكان ان "اللجنة اقرت ايضا بأن الكرسي الرسولي والابرشيات والرهبانيات بذلت جهودا جبارة لتدارك التجاوزات الجنسية ضد القاصرين". واشادت ب "التزام" البابا فرنسيس في هذا الشأن. وتطرق ايضا الى التسويات التعويضية المعقودة لمصلحة الضحايا من قبل "عدد كبير من الابرشيات الكاثوليكية والرهبانيات".
وقال الفاتيكان ان اللجنة تقر مع ذلك "بوجود حالات وطلبات محددة ترغب في الحصول على معلومات مفصلة في شأنها".
وتأخذ على الفاتيكان انه "اخفق في جعل ابلاغ الشرطة بالاتهامات المتعلقة بالتجاوزات امرا الزاميا، ونقل كهنة حتى يفلتوا من العقوبات واخفق في التوصل الى اتفاق يحصل الضحايا بموجبه على التعويض الملائم".
واكد الفاتيكان ان "الكرسي الرسولي يأخذ علما بذلك وسيأخذ على محمل الجد هذه التوصيات".
وموضوع الخلاف الاخر هو المسؤولية التراتبية للفاتيكان على القساوسة. وجاء في بيان الفاتيكان ان "مراقبي (اللجنة) يسعون الى الايحاء بأن جميع الكهنة في العالم هم مرتبطون قانونيا وبصورة غير مباشرة بالفاتيكان كارتباطهم بأحد الاسياد".
من جهة اخرى، رحب الفاتيكان بأن خبراء الامم المتحدة "لم يؤكدوا ان جهود الكنيسة لحماية الاطفال الذين لم يولدوا بعد تعد شكلا من اشكال التعذيب او المعاملة القاسية والمنحطة بموجب اتفاقية الامم المتحدة لمناهضة التعذيب". واضاف انه بذلك "يصان حق الانسان الاساسي بحرية الدين والحماية واعلاء شأن الحياة البشرية".
وكان الفاتيكان اخذ على بعض الخبراء استخدام النقاش لانتقاد تصرف منظمات خيرية كاثوليكية تعارض الاجهاض وتعتبره نوعا من التعذيب.