واستشهد الشيخ البوطي الخميس أثناء إعطاءه درسا دينيا في مسجد الايمان بحي المزرعة في دمشق، جراء تفجير انتحاري أودى بحياة البوطي من بين عشرات الشهداء سقطوا جراء التفجير بينهم حفيده.
وقال رئيس الهيئة السنية لنصرة المقاومة الشيخ ماهر مزهر لقناة العالم الاخبارية السبت: اعزي الامة الاسلامية والشعب السوري باستشهاد العالم الكبير الشهيد الدكتور محمد رمضان البوطي، واصفا اياه بانه شهيد المنبر والعلم والدعوة الى الحق في وجه الباطل.
الى ذلك قال عضو تجمع العلماء المسلمين في لبنان الشيخ شريف ظاهر لقناة العالم الاخبارية: ما اسهل على اولئك الذين لبسوا لبوس الاسلام ان يصدروا فتاوى ما انزل الله بها من سلطان، تكفر وتبيح الدم.
من جهته قال مسؤول العلاقات العامة في تجمع علماء المسلمين الشيخ حسن غبريس متسائلا في تصريح لقناة العالم الاخبارية: بأي دين وبأي مقاييس شرعية واخلاقية، يمكن ان نفهم ان هناك دينا يبيح قتل الناس بهذه الطريقة في بيت الله الآمن؟؟
على الصعيد ذاته قال رئيس لجنة مقاومة الاستيطان اسماعيل الخطيب لقناة العالم الاخبارية: من مدينة القدس نبعث بتعازينا الى كل الشعب والقيادة في سوريا باستشهاد العلامة البوطي الذي سقط في جامع بدمشق على يد احد الارهابيين، معتبرا ان ذلك جاء بتحريض من بعض علماء السلاطين الذين يحرضون على قتل العلماء في سوريا.
الى ذلك قال رئيس اساقفة القدس وسبسطية المطران عطا الله حنا لقناة العالم الاخبارية: قتلوا الشيخ البوطي لانه انسان محترم واصيل ويؤمن برسالة الاسلام الحقيقية ويدافع عن سوريا ووقف مع بلده في مواجهة هذه المؤامرة التي تتعرض لها سوريا اليوم.
ومنذ بداية الازمة السورية عام 2011 حذر العلامة البوطي من الانقياد وراء الدعوات المجهولة المصدر التي تحاول استغلال المساجد لاثارة الفتن والفوضى في سوريا، واتهم عوامل خارجية بالوقوف وراء الاحداث، وقال وقال ان من يحرضون على هذه الاعمال «يراقبوننا في حالة من التسلية»، معتبرا في احدى فتاواه التظاهرات بانها تحولت إلى "أخطر أنواع المحرمات".
MKH-23-17:35