التفجير استهدف جامع الايمان بمنطقة المزرعة شمال العاصمة السورية عندما كان العلامة البوطي يعطي درسا لطلاب العلم.
وكان البوطي احد كبار العلماء المسلمين في سوريا (في التسعينات من العمر) مشهورا برفضه التدخل الخارجي في سوريا والتنديد بالسياسات المعادية لبلاده كإرسال المسلحين وتزويدهم بالسلاح.
وكان قد أعلن تأييده للحوار الوطني الذي ينتهي بحل سلمي للأزمة السورية، واعتبر ان سوريا تتعرض لغزو لا مثيل له بالتاريخ داعيا إلى نصرة الجيش السوري.
واجمعت ردود الافعال السورية والاقليمية على ان اغتيال رئيس إتحاد علماء بلاد الشام العلامة الشيخ محمد سعيد رمضان البوطي هو جريمة بامتياز تتحملها مخابرات دولية واقليمية وفتاوى تكفيرية وظلامية.
واعتبر الرئيس السوري بشار الاسد اغتيال البوطي اغتيالا للعلم والعلماء وحرية الراي، متوعدا قتلته بالقضاء على ظلاميتهم وتكفيرهم حتى تطهير سوريا من جرائمهم.
من جانبه نعى مفتي سوريا احمد بدر الدين حسون البوطي قائلا "ان من يسكت من العلماء المسلمين في العالم من الأزهر الى اتحاد العلماء المسلمين وغيرهم عن جريمة إغتيال الشيخ محمد سعيد البوطي إنما هو مشارك في إغتيال كل شهداء سوريا وفي المؤامرة على سوريا"، مؤكدا ان "سوريا لن تركع، وان الشعب السوري لن يتخلى عن نظامه مهما كانت المؤامرات".
ومن جهتها ادانت وزارة الخارجية الايرانية بشدة هجوم التكفيريين واستهدافهم العلامة البوطي، فيما رأى حزب الله أنها جريمة تتخطى كل الحدود وتدخل في مجال الجرائم ضد البشرية وضد الإسلام والمسلمين.
واما تجمع العلماء المسلمين فقد اعتبر اغتيال البوطي مؤامرة تخدم الصهاينة ومحاولة لشق وحدة المسلمين ولاسكات صوت الحق داعيا الى الالتفاف حول ثوابت الامة ومواجهة مؤامرة تدمير سوريا وتشظيتها.
وكانت التقارير اكدت ان البوطي وضع على قائمة الاغتيال من قبل المخابرات الاسرائيلية والقطرية والسعودية والتركية منذ اصداره فتوى تعتبر الجهاد على الجماعات التكفيرية والمسلحة واجبا عينيا على كل المسلمين.