واشارت المنظمة في تقرير لها الى تدمير حسينية في محافظة إدلب، ونهب كنيستين في اللاذقية.
ورجحت أن الهجمات التي وقعت في تلك المناطق جاءت بعد سقوطها بيد المسلحين.
وأظهر فيديو بث على الانترنت مقاتلين يرفعون البنادق في الهواء ويهللون بينما بدا الموقع بقرية زرزور محترقا في الخلفية.
وذكرت هيومن رايتس ووتش أن قوات المعارضة ألقت باللوم على الحكومة السورية في التدمير لكن سكان قالوا إن المسلحين بدأوا بإطلاق النار عندما سيطروا على القرية.
وقالت مديرة المنظمة للشرق الاوسط سارة لي ويتسون إن تدمير اماكن دينية يزيد من مخاوف الأقليات الدينية.
واضافت أن سوريا ستفقد تنوعها الثقافي والديني اذا لم يحترم المسلحون اماكن العبادة.
وقوضت الفوضى وعمليات النهب من قبل المعارضين في بعض المناطق دعم المدنيين لقضيتهم خاصة بين الأقليات وأعاقت قدرتهم على التقدم في مواجهة القوات الحكومية.
ونقلت منظمة هيومن رايتس ووتش عن سكان في محافظة اللاذقية بغرب سوريا قولهم إن مسلحين يعملون تحت لواء المعارضة اقتحموا كنائس في قريتين وسرقوها.
وأضافت المنظمة أن ساكنا بقرية الجديدة قال إن مسلحين اقتحموا كنيسة محلية وسرقوها وأطلقوا النار بداخلها بعد فرار القوات الحكومية.
وقالت المنظمة "على الرغم من أن الدافع وراء اقتحام الكنائس ربما كان السرقة وليس هجوما دينيا فإن مقاتلي المعارضة يتحملون مسؤولية حماية الأماكن الدينية في المناطق التي تخضع لسيطرتهم من التدمير المتعمد والنهب".