وفي رسالة إلى النائب العام علي فضل البوعينين، أعربت هيومن رايتس ووتش عن قلقها من أن القبض على المحافظة في 17 ديسمبر/كانون الأول 2012 ربما كان بدافع من اعتراضات على نشاطه بمركز البحرين لحقوق الإنسان وأن ملابسات وظروف قضيته يبدو أنها لا تبرر احتجازه على ذمة القضية.
ورفض قاض التحقيق مرتين طلبات من محامي المحافظة بالإفراج بكفالة.
وقال جو ستورك، نائب المدير التنفيذي لقسم الشرق الأوسط في منظمة هيومن رايتس ووتش إن: "احتجاز الناشط سيد يوسف المحافظة مرتين خلال هذه الفترة القصيرة يثير القلق إزاء احتمال محاولة السلطات البحرينية إسكات من يراقبون أوضاع حقوق الإنسان. فإن كانت السلطات ستمضي في هذه القضية المشكوك في صحتها، فلابد من الإفراج عن المحافظة مع استمرار محاكمته".
وقامت قوات الأمن البحريني بالقبض على المحافظة القائم بأعمال نائب رئيس مركز البحرين لحقوق الإنسان، في 17 ديسمبر/كانون الأول 2012 فيما كان يراقب مظاهرة بالمنامة لإحياء ذكرى وفاة اثنين من المتظاهرين في عام 1994. واتهمه النائب العام في 18 ديسمبر/كانون الأول بنشر صورة على حسابه على موقع تويتر فيها ساق لشخص يظهر أنه مصاب بعدة إصابات من رصاص الشوزن، وورد في التغريدة المزعوم نشرها (بالإنجليزية) "يمكنني أن أؤكد إصابة شوزن الآن في المنامة". وإثر ذلك أمر النائب العام باحتجاز يوسف المحافظة لمدة أسبوع على ذمة التحقيق. وتم تجديد احتجازه في 25 ديسمبر/كانون الأول لمدة 15 يوماً.
وقالت هيومن رايتس ووتش إن الصورة التي يبدو أنها السند وراء الاتهامات ضد المحافظة كان قد تم تداولها على نطاق واسع في البحرين قبل القبض عليه. ففي حوالي الساعة 9:15 من مساء يوم 14 ديسمبر/كانون الأول استخدمت قوات الأمن القوة في تفريق مظاهرة من حوالي 30 متظاهراً في حي المخارقة بالمنامة. وعند موقع المظاهرة أصيب متظاهر في ساقه وتم نشر صورة لساقه المصابة على عدة منتديات على الإنترنت. وفي 17 ديسمبر/كانون الأول، تم نشر الصورة نفسها على منتدى البحرين أونلاين، وهو منتدى شهير، وكان التعليق الخاص بالصورة: "صورة لإصابة أحد الشباب في المنامة برصاص الشوزن".
وفي 20 ديسمبر/كانون الأول نقلت وكالة الأنباء البحرينية الرسمية عن وكيل النائب العام محمد صلاح قوله أن الصورة كانت "على خلاف الحقيقة"، حيث "ترتب على نشر الصورة المزعومة حدوث تجمهرات وأعمال شغب أخلت بالأمن والنظام العام في ذات اليوم".
وقالت هيومن رايتس ووتش إنه لا يظهر من المعلومات المتوفرة علناً أن المحافظة تعمد توفير أخبار كاذبة بقصد الإضرار بالنظام العام أو بالسلامة العامة، أو أنه حرض على العنف.
وكانت قوات الأمن قد قبضت أيضاً على المحافظة في 2 نوفمبر/تشرين الثاني في الدراز غربي المنامة واتهمته بالمشاركة في "تجمهر غير قانوني". وقُبض في تلك المرة على المحافظة وهو يحاول تصوير متظاهر مصاب في مظاهرة. في وقت سابق من اليوم كان قد نشر على تويتر صوراً لقوات الأمن وهي تطلق الغاز المسيل للدموع تجاه المتظاهرين في قرية بلاد القديم.
وقالت هيومن رايتس ووتش إن المدافعين عن حقوق الإنسان تعرضوا للاعتقال والملاحقة القضائية بسبب أنشطتهم السلمية بمجال حقوق الإنسان في البحرين.
ومنذ أبريل/نيسان 2011 ضيقت السلطات البحرينية كثيراً على قدرة منظمة هيومن رايتس ووتش على دخول البحرين لتغطية انتهاكات حقوق الإنسان، ولم تسمح سوى بزيارتين قصيرتين في نوفمبر/تشرين الثاني 2011 وفي أبريل/نيسان 2012.