وأخيراً وبعد عدة أيام من المفاوضات الشائكة والاستقالات والخلافات تم هذا التوقيع وسط تحفظات من قبل المجلس الوطني السوري، ورفض معارضة الداخل كونه تم برعاية غربية تفتح الأبواب أمام تدخل أجنبي في شؤون سوريا الداخلية.
وانتخبت فصائل المعارضة معاذ الخطيب رئيساً للائتلاف فيما انتخب المعارض رياض سيف نائباً أولاً للرئيس، وسهير الأتاسي نائباً ثانيا؛ فيما يتوقع إعطاء المقعد السوري في الجامعة العربية إلى معاذ الخطيب.
لكن الائتلاف الذي تم الاتفاق عليه لتوحيد المجالس العسكرية الثورية ووضعها تحت مظلة مجلس عسكري أعلى، وحسب البنود المعلنة لا يعد سارياً إلا بعد المصادقة عليه من الجهات المرجعية لأطرافه أصولا.
هذا وبدا للعيان أن اتفاق الدوحة الداعي لإسقاط نظام الرئيس السوري بشار الأسد، يتقاطع مع المبادرات الدولية ـ ومنها مهمة الابراهيمي ـ الساعية للحوار ووقف نزيف الدم السوري ووساطة الأمم المتحدة، إذ نصت بنود الاتفاق على التزام أطراف الائتلاف بعدم الدخول بأي حوار أو مفاوضات مع النظام.