وكان من أبرز ما اكده المحامون انتزاع الاعترافات من الاطباء تحت وطأة التعذيب، كما تحدث المحامون عن تناقض الروايات بخصوص واقعة العثور على أسلحة بمجمع السلمانية الطبي، إلا أنه وعلى الرغم من ذلك لم تثبت صلة المتهمين بالأسلحة، من خلال عدم وجود بصمات أي منهم على تلك الأسلحة.
وقد حجزت المحكمة القضية للحكم في جلسة 14 يونيو/ حزيران 2012، وكانت محكمة السلامة الوطنية أدانتهم بالسجن مدداً تتراوح ما بين 5 و15 عاماً.
وأشارت هيئة الدفاع عن الأطباء إلى أن «وسائل الإعلام تعمدت تشويه سمعة الأطباء ومازال هذا الأمر مستمراً»، ولفتت هيئة الدفاع إلى أن «الكادر الطبي حُوكم لأنه كان شاهداً على ما جرى من انتهاكات خلال الأحداث التي شهدتها البحرين؛ ولأنهم أسعفوا المصابين خلال تلك الفترة».
وسبق أن أبدت النيابة العامة مرافعتها التي تضمنت شرحاً تفصيليّاً لوقائع القضية وللأفعال المادية التي وقعت من المتهمين وأدوارهم في الجرائم المسندة إليهم، وبياناً لمظاهر سيطرتهم على مجمع السلمانية الطبي خلال الأحداث، وتحويله إلى مكان لاحتجاز المختطفين من الآسيويين ورجال الشرطة، فضلاً عن الحيلولة دون تلقي المواطنين العلاج بالمستشفى بشكل اعتيادي.