وتم إلباس جثمان البابا الملابس الكهنوتية ووضع على كرسيه البابوي قبيل ظهر اليوم وسيبقى كذلك لمدة ثلاثة ايام حتى يتمكن جمهور الاقباط من القاءِ نظرة الوداع عليه قبل تنظيم قداس الجنازة في مقر كاتدرائية الاقباط الارثوذكس بالعباسية في القاهرة.
وبناء على وصيته، سيتم دفن البابا شنودة الثالث في دير وادي النطرون بين القاهرة والاسكندرية.
وتوفي البابا شنودة الثالث بورم في الرئتين بعد معاناة طويلة مع المرض لم ينفع معه علاج.
وقد اعلنت الكنيسة الأرثوذكسية الحداد على وفاة شنودة الثالث، وتقاطر الالاف الأقباط والمسلمين على المقر الباباوي وهم يلقون نظرة الوداع عليه.
البابا شنودة الثالث عاصر طول فترة حكم السادات وبعدها حوالي 30 عاما في فترة حكم مبارك وعاش فترة حكم المجلس الأعلى للقوات المسلحة. فرض نفسه على الساحة بسبب مواقفه المعارضة لتطبيع العلاقات بين المصريين والاسرائيليين.